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1.食源微生物

1.1 Multiplex bacteria detection using one-pot CRIS-PR/-Cas13a-based droplet microfluidics

1.2Rapid detection of Salmonella with RecombinaseAided Amplification

1.3不對稱重組酶介導(dǎo)擴(kuò)增結(jié)合分子信標(biāo)檢測金黃色葡萄球菌方法的建立與應(yīng)用

1.4重組酶介導(dǎo)擴(kuò)增技術(shù)快速檢測沙門菌方法的建立

1.5重組酶介導(dǎo)擴(kuò)增方法快速檢測A族乙型溶血性鏈球菌

1.6CRISPR-Cas13a 結(jié)合重組酶介導(dǎo)的擴(kuò)增快速檢測副溶血性弧菌方法的建立

1.7 CRISPR-Cas13a輔助RAA快速檢測金黃色葡萄球菌的研究

1.8重組酶介導(dǎo)等溫核酸擴(kuò)增方法快速檢測土壤沙門氏菌

1.9重組酶介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)檢測哈維氏弧菌

1.10動物源性食品中致病微生物的快速PCR檢測

2.綜述

2.1重組酶等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)在分析檢測中的應(yīng)用研完進(jìn)展

Multiplex bacteria detection using one-potCRISPR/Cas13a-based droplet microfluidics

Abstract:High-throughput detection of bacteria at low levels is critical in public health,food safety,and first response.Herein,for the first time,we present a platform based on droplet microfluidics coupling with the recombinasealded amplification(RAA)-assisted one-pot clustered regularly interspaced short palindromic repeats togetherwith CRSPR-associated proteins 13a(CRISPR/Cas13a) assay,and droplet encoding strategy for accurate andsensitive deter mination of nudeic adidsfrom various foodborne pathogens.The workflow takes fulladvantageof CRISPR/Cas13a signal amplification and droplet confinement effects,which enhancesthe detection sensitivi-ty and enables end-point quantitation.Meanwhile,by varying the color of droplets,the number of bacteriadetectedatthe same time is greatly improved.Ilt possesses the capability to simultaneously detectseven differ-ent types of foodborne pathogens.Notably,the system is also applied to real food samples with satisfactoryresults.Overall,in view of superiorities inhigh sensitivity,outst anding selectivity,and large-scale multiplexing,the one-pot CRISPR/Cas13a-based droplet microfluidic system could be expanded and universalized for identi-fying other bacteria.

Key words:Bacterla,Multiplex detection,RAA,One-pot CRSPR/Cas13a assay,Droplet microfluidics,Drapletencoding.

Rapid detection of Salmonella withRecombinase Aided Amplification

Abstract:Rapid Salmonella detection using Recombinase Aided Amplification was established.The reactioncompletes in20 min at 39 ℃ and can be performed with a portable device.Once further impraved,this methodshould be a great choice for monitaring contamination,such as foodborne Salmonella or for similar purposes.

Keywords:Salmonella,Re combinase Aided Amplification,Foodborne,Food safety.

不對稱重組酶介導(dǎo)擴(kuò)增結(jié)合分子信標(biāo)檢測金黃色葡萄球菌方法的建立與應(yīng)用

摘要：目的建立一種基于重組酶個導(dǎo)擴(kuò)增技術(shù)(RAA)與分子信標(biāo)相結(jié)合的病原菌恒溫快速檢測方法。方法方法學(xué)的建立。通過金黃色葡萄球菌A蛋白(SPA)所對應(yīng)的基因設(shè)計(jì)相應(yīng)引物及分子信標(biāo)探針，不斷調(diào)整引物濃度比例以確定最住引物濃度比來進(jìn)行不對稱擴(kuò)增，利用不對稱重組酶介導(dǎo)擴(kuò)增并與分子信標(biāo)探針雜交,通過瓊脂糖凝膠電泳及熒光采集觀測結(jié)果。將陽性質(zhì)粒以10倍的梯度稀釋，檢測該方法的靈敏度。利用該RAA雜交法檢測大坪醫(yī)院檢驗(yàn)科微生物室保存的2016年12月的72株包含金黃色葡萄球菌及葡萄球菌屬其他種細(xì)菌的菌株，以檢測該方法的特異性。在特異性實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)上添加我室保存的2016年12月的39其他菌株進(jìn)行 Kappa一致性檢驗(yàn)及臨床診斷效能評價(jià)。結(jié)果當(dāng)限制性引物與非限制性引物的濃度比例在1:20時(shí)，產(chǎn)生單鏈DNA(SSDNA)的效率最高。不對稱RAA擴(kuò)增與分子信標(biāo)探針雜交的效率明顯高于對稱擴(kuò)增。該方法的靈敏度為20拷貝/ul。RAA雜交法能夠?qū)⒔瘘S色葡萄球菌與萄球菌屬其他菌株區(qū)分，與傳統(tǒng)金標(biāo)準(zhǔn)相比Kappa為0.860，一致性良好。經(jīng)過對111株菌株的檢測,該方法敏感度為92.5%(37/40)，特異度為97.2%(691/71)，陽性預(yù)測值為94.9%(37/39)，陰性預(yù)測值為95.8%(69/72)，陽性似然比為33.04，陰性似然比為0.077,約登指數(shù)為0.897。與傳統(tǒng)金標(biāo)準(zhǔn)相比,Kappa為0.902,兩種方法一致性良好。結(jié)論通過對不對稱RAA擴(kuò)增條件的優(yōu)化及與分子信標(biāo)探針的結(jié)合，建立了RAA雜交技術(shù)檢測細(xì)菌DNA的新方法，為恒溫?cái)U(kuò)增應(yīng)用于臨床奠定基礎(chǔ)。(中華檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)雜志，2017，40:309-313)

關(guān)鍵詞：金黃色葡萄球菌；核酸擴(kuò)增技術(shù)；分子探針

重組酶介導(dǎo)擴(kuò)增技術(shù)快速檢測沙門菌方法的建立

摘要：目的采用重組酶介導(dǎo)核酸擴(kuò)增方法(Recombinase aided amplification,RAA)，建立沙門菌快速檢測方法。方法根據(jù)沙門菌的 invA 基因設(shè)計(jì)引物和探針，通過構(gòu)建含目的基因片段的質(zhì)粒分析RAA方法的靈敏度，通過檢測大腸桿菌、志賀菌驗(yàn)證方法的特異性，并檢測沙門菌陽性樣本進(jìn)行驗(yàn)證。結(jié)果建立的方法在39℃下進(jìn)行，檢測時(shí)間在20 min以內(nèi)，檢測下限為102拷貝ul，與大腸桿菌、志賀菌無交叉反應(yīng)，特異性良好。結(jié)論建立的RAA檢測方法具有快速、靈敏、特異以及操作簡便等特點(diǎn),適用于沙門菌的快速檢測。

關(guān)鍵詞：沙門菌；重組酶介導(dǎo)擴(kuò)增；分子檢測